Also zur Frage wegen der Pegel: das Referenzsignal ist am Messplatz bei der ersten Messung einfach zu laut, deshalb wird der Pegel an den LS verringert. Du könntest nun auch hingehen und könntest die Pegel gleichmäßig nach oben ziehen, dann veränderst du aber indirekt z.B. den "Dynamic EQ" (sofern aktiviert) weil sich damit auch deine Hauptlautstärke verändert.
Zu deinen anderen Problemchen kann ich jetzt aber nichts sagen (Subwoofer-Ausfall etc.), das kann man an den Diagrammen nicht erkennen! ;)