Wenn du Audyssey benutzt, würde ich 2 separate Ausgänge verwenden. Die Lautstärke und Phase wird dann für beide Subs getrennt ermittelt, für die restliche Messung werden allerdings beide Subs als einer behandelt.
Die MultEQ App würde ich jedem ans Herz legen, der sich ein bisschen mehr mit der Einmessung des AVRs beschäftigen will - mMn gut angelegte 20€.
Ich verwende aktuell auch 2 Subs - sogar 2 komplett verschiedene. Bin gerade dabei mit miniDSP und MSO zu testen - das hat einen deutlichen Gewinn zu der Audyssey Einmessung gebracht. Dafür brauchst du dann aber entsprechend Messequipment, den DSP und ein wenig Geduld + Zeit 😄